21XX年，因为被不知名人士控制了人工重力装置的设备，而使得卫星的轨道朝向地球直飞过去。距离撞击时间还有16小时，如遭遇撞击则地球将有被本身能量消灭的危机。X与ZERO便为了阻止这场悲剧发生，开始了一连串艰辛的战斗。这便是CAPCOM 2000年末动作钜献“洛克人X5”的背景故事。
　　在游戏中，玩家可以选择X或是ZERO以进行游戏。操作模式则延续以往的操作方式，老玩家跟新玩家想必都能很快的适应。这次多了很多的新系统喔，像是装甲部分，本作中从以往的1组装甲变成3组喔，并且还有各自的特性呢！分别有注重特殊武器，注重机动力的可以空中移动，注重威力的可以攀针壁喔，可说是为“X5”带来一种全新的气息。这次还加入的时间记忆的装置，结局可能会因为时间长短而有改变。在动作方面，这次加入了“蹲下”以及“悬吊”的新动作，在操控上以及战术应用上有能有新的突破。游戏中还有病毒存在喔，玩家只要感染了病毒，就会开始慢慢的减少生命值，可说是在洛克人系列中前所未有的设计。
　　除此之外，DNA的强化功能，也使得“X5”带有着一片薄薄的育成色彩，也使得游戏更耐玩。